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java没有清空的方法。
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可以使用替代的方法：通过输出空行，达到清屏。例如：
for(int i=0;i400;i++){
System.out.println("");//输出400行空行
}
其实输出的是你自己想看的，不想输出就不会显示。
如果你想把已经输出的控制台让他空掉的话，随便写个类里面输出System.out.print("")；
不过这样是多此一举，因为你下面要进行其他代码的调试编译时是不会受到之前的消息的影响的
clean是为了清除之前由java编译后生成的.class文件。
其实多数情况下直接编译，会覆盖掉之前编译的.class文件的，但有些情况下，也许是缓存的原因，需要手工加入clean的命令，强制清掉之前编译的.class文件再进行编译。
理论上是的，你第一步的 javac 将你的 .java 文件 编译成 .class 字节码，之后 用 java 命令来运行 .class 文件。所以是可以删掉源文件，但是一般程序都是要调试，调试后你的源文件就要变动，变动后就要重新编译，所以一般没人删源文件，然后再重新写一份。