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，一般格式：PED/MAP 2，转置格式：TPED/TFAM 3，二进制格式：BED/BIM/FAM 几种格式之间可以相互转换。推荐使用BED/BIM/FAM这种格式，读取速度快。
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view命令中，对sam文件头部的输入( -t 或 -T )和输出( -h )是单独的一些参数来控制的。
这是dos格式与unix格式间的区别 ff=fileformat， 是设置文件格式为unix类型，即换行符为\n。
deb格式的安装文件应该使用dpkg命令安装，dpkg 是“Debian Packager ”的简写，为 “Debian” 专门开发的套件管理系统。
convert命令 ，例如：把D盘转换为ntfs格式（而且不伤害数据）就是 输入 convert D：/fs：ntfs 回车，会要求输入D盘卷标，建议首先把磁盘卷标修改成英文，方便输入。
Linux命令有很多，那么Linux文件系统操作命令又有哪些呢？下面我为你介绍！ 文件系统操作命令： cat：可以显示文件的内容(经常和more搭配使用)，或将多个文件合并成一个文件。
1、首先，用root用户登陆Linux系统或者使用su、sudo等命令提升到root权限。
2、首先，用root用户登陆Linux系统或者使用su、sudo等命令提升到root权限。其次，修改帐户密码，只需要使用passwd命令即可，该命令详细介绍如下：passwd 选项 用户名 可使用的选项：-l 锁定口令，即禁用账号。-u 口令解锁。
3、linux管理员忘记root密码，需要进行找回操作。 注意事项：本文基于centos7环境进行操作，由于centos的版本是有差异的，继续之前请确定好版本。重启系统，在开机过程中， 快速按下 键盘上的方向键 ↑ 和 ↓ 。
4、root用户通常可以在不需要知道用户原密码的情况下修改所有用户的密码，只需要输入密码passwd用户名即可，按照提示两次输入新密码就能够设置完成。如果密码在设置过程中不符合复杂度，系统会提示，但不会阻止设置完成。
1、进入Linux系统，登陆管理员账号root，只有root才可以添加用户。输入useradd+需要添加的用户名后按回车，useradd是添加用户命令，的用法为useradd [用户名]，这里添加用户名为sample。
2、进入Linux系统，登陆管理员账号root，只有root才可以添加用户。输入useradd+需要添加的用户名后按回车，useradd是添加用户命令，的用法为useradd[用户名]，这里添加用户名为sample。
3、username 是您想要创建的用户名：adduser username 按照提示设置新用户的密码。您可以选择为新用户设置其他详细信息，如全名、联系方式等等。完成上述步骤后，您可以以新用户身份重新登录系统，并开始使用您的 Linux 系统了。
1、samtools还有个非常重要的命令mpileup，以前为pileup。该命令用于生成bcf文件，再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。bcftools是samtool中附带的软件，在samtools的安装文件夹中可以找到。
2、默认情况，samtools view输出序列到屏幕，可以重导向到别的文件。-b ：声明输出为bam格式的文件。
3、建立索引 建立索引只需在Linux下输入命令：samtools faidx input.fa 这里序列文件为 input.fa，生成的索引文件以 .fai 结尾。
4、最终得到的samtools_result.bcf 是二进制文件，到此完成了call snp的第一步。
5、当存在多个样本的bam文件时，可以通过SAMtools的merge命令实现。guan 方说明书：http：// samtools merge要求是对排序后的bam文件进行合并，生成和现在顺序一样的bam文件。
6、sam文件转换为bam文件——SAMtools - (jianshu点抗 )默认是按序列在fasta文件中的顺序（即header）和序列从左往右的位点排序。
ls命令 LS命令用于查看目录的内容。默认情况下，此命令将显示当前工作目录的内容。如果要查看目录的内容，请键入ls，然后键入目录的路径。cat命令 cat（连接的缩写）是Linux中最常用的命令之一。
linux命令如果记不得，可以使用man命令来查看某个命令的使用。
首先，连接相应linux主机，进入到linux命令行状态下，等待输入shell指令。在linux命令行下输入shell指令：last -f /var/log/wtmp。键盘按“回车键”运行shell指令，此时会看到系统的开启、关闭、重启日志。
在Linux环境下，查看当前路径下的文件和文件夹命令是（）。
在 Linux 系统中，可以使用 usermod 命令来批量将用户添加到某一组中。
创建用户命令useradd useradd命令用于创建用户，默认情况下只有系统超级用户root才能使用。由于用户的属性有很多，所以该命令的选项也有很多，这里不全部介绍，只说几个常用的选项。
如图，准备条件。创建用户liulill赋予密码。创建用户组thisis1/thisis2/thisis3。如图，注意格式 查看是否成功。切换用户输入id命令。结果如下图 已成功加入多个用户组。