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修改方法：
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在配置文件mysql.ini中进行设置
添加类似wait_timeout=xxxx的语句即可
通过命令行进行修改
Mysql set global wait_timeout=xxxx;
字面意思是数据库连接超时（30s），假如你的代买没有问题而是你的文件过大的话，那么可以在php.ini中调大这个连接时间上限。但是我觉得可能是你的数据库配置的问题，方便贴出config.php中数据库连接的配置代码么？
开启下mysql的慢查询. 看看是否存在过多的慢查询语句. 具体开启方式可以百度
在数据库访问比较慢的情况下. 执行 show processlist 看下进程是否过多.
找出慢查询之后, 可以针对sql进行优化.
加加索引应该就能解决.
my.cnf 的配置可以参考网上的方案进行优化....
(按说...4000条数据根本就不是个问题....)