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linux常用命令（基础）
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1. man 对你熟悉或不熟悉的命令提供帮助解释
eg:man ls 就可以查看ls相关的用法
注：按q键或者ctrl+c退出，在linux下可以使用ctrl+c终止当前程序运行。
2. ls 查看目录或者文件的属*，列举出任一目录下面的文件
eg: ls /usr/man
ls -l
a.d表示目录(directory)，如果是一个”-”表示是文件，如果是l则表示是一个连接文件(link)
b.表示文件或者目录许可权限.分别用可读(r)，可写(w)，可运行(x)。
3. cp 拷贝文件
eg: cp filename1 filename2 //把filename1拷贝成filename2
cp 1.c netseek/2.c //将1.c拷到netseek目录下命名为2.c
4. rm 删除文件和目录
eg: rm 1.c //将1.c这个文件删除
5. mv 移走目录或者改文件名
eg: mv filename1 filename2 //将filename1 改名为filename2
mv qib.tgz ../qib.tgz //移到上一级目录
6. cd 改变当前目录 pwd 查看当前所在目录完整路径
eg: pwd //查看当前所在目录路径
cd netseek //进入netseek这个目录
cd //退出当前目录
7. cat，more命令
将某个文件的内容显示出来。两个命令所不同的是:cat把文件内容一直打印出来，而 more则分屏显示
eg; cat1.c //就可以把代码粘帖到1.c文件里，按ctrl+d 保存代码。
cat 1.c 或more 1.c //都可以查看里面的内容。
gcc -o 1 1.c //将1.c编译成.exe文件，我们可以用此命编译出代码。
8.chmod 命令 权限修改 用法：chmod 一位8进制数 filename。
eg: chmod u+x filenmame //只想给自己运行，别人只能读
//u表示文件主人， g 表示文件文件所在组。 o 表示其他人 ;r 表可读，w 表可写，x 表可以运行
chmod g+x filename //同组的人来执行
9. clear，date命令
clear:清屏，相当与DOS下的cls;date:显示当前时间。
10. mount 加载一个硬件设备
用法:mount [参数] 要加载的设备 载入点
eg: mount /dev/cdrom
cd /mnt/cdrom //进入光盘目录
11. su 在不退出登陆的情况下，切换到另外一个人的身份
用法: su -l 用户名(如果用户名缺省，则切换到root状态)
eg:su -l netseek (切换到netseek这个用户，将提示输入密码)
12.whoami，whereis，which，id
//whoami:确认自己身份
//whereis:查询命令所在目录以及帮助文档所在目录
//which:查询该命令所在目录(类似whereis)
//id:打印出自己的UID以及GID。(UID:用户身份唯一标识。GID:用户组身份唯一标识。每一个用户只能有一个唯一的UID和 GID)
eg: whoami //显示你自已登陆的用户名
whereis bin 显示bin所在的目录，将显示为：/usr/local/bin
which bin
13. grep，find
grep:文本内容搜索;find:文件或者目录名以及权限属主等匹配搜索
eg: grep success * /*查找当前目录下面所有文件里面含有success字符的文件
14. kill 可以杀死某个正在进行或者已经是dest状态的进程
eg; ps ax
15. passwd 可以设置口令
16. history 用户用过的命令
eg: history //可以显示用户过去使用的命令
17. !! 执行最近一次的命令
18. mkdir命令
eg: mkdir netseek //创建netseek这个目录
19. tar 解压命令
eg: tar -zxvf nmap-3.45.tgz //将这个解压到nmap-3.45这个目录里
20. finger 可以让使用者查询一些其他使用者的资料
eg: finger //查看所用用户的使用资料
finger root //查看root的资料
1. 例子
提取字符串以下字符串 error: 与 : 之间的子字符串。并消除空格。
"src/network/misc/nv_net_udp.c:17: fatal error: nv_net_tools.h: No such file or directory"1
2. 命令
echo "src/network/misc/nv_net_udp.c:17: fatal error: nv_net_tools.h: No such file or directory" | sed -r 's/.*error\:(.*)\:.*/\1/' | sed s/[[:space:]]//g1
该命令涉及 sed 命令的’反向引用’章节, \1 代表 (.*)
3. 结果
nv_net_tools.h1
4. 拓展 ： 解决编译错误
leon$ make clean make all arm-hisiv100nptl-linux-gcc -c -fPIC -Wall -g -ggdb -O0 -DHI3518_CHIP -DLINUX -I./src/include -I./src/include/common -I./src/include/camera -I./src/include/conf -I./src/include/log -I./src/include/network -I./src/include/upnp -I/home/leon/nvc/arm-hisiv100nptl-linux/include src/common/nv_conf.c -o build/objs/hi3518/src/common/nv_conf.o/*省略中间部分*/arm-hisiv100nptl-linux-gcc -c -fPIC -Wall -g -ggdb -O0 -DHI3518_CHIP -DLINUX -I./src/include -I./src/include/common -I./src/include/camera -I./src/include/conf -I./src/include/log -I./src/include/network -I./src/include/upnp -I/home/leon/nvc/arm-hisiv100nptl-linux/include src/network/misc/nv_net_udp.c -o build/objs/hi3518/src/network/misc/nv_net_udp.o
src/network/misc/nv_net_udp.c:17: fatal error: nv_net_tools.h: No such file or directory
compilation terminated.make: *** [build/objs/hi3518/src/network/misc/nv_net_udp.o] Error 112345678
note: 在以上编译过程中我们发现,编译器提示说找不到nv_net_tools.h文件，而现实中我们也不需要这个文件的包含了，需要删除包含nv_net_tools.h 文件中的该行代码。
5.字符串提取 (命令行)
目标字符串
"from":"0802070975","to":"0802071013","url":"","md5":"ace4b34383f964442a591559d0afb296","level":0 12
需要提取 from , to, url , md5, level 等5个关键字后面的内容。
//提取 from 内容echo
"from":"0802070975","to":"0802071013","url":"","md5":"ace4b34383f964442a591559d0afb296","level":0 | sed "s/.*from:\(.*\)/\1/" | cut -d ',' -f1
//提取 to 内容echo
"from":"0802070975","to":"0802071013","url":"","md5":"ace4b34383f964442a591559d0afb296","level":0 | sed "s/.*to:\(.*\)/\1/" | cut -d ',' -f1
//提取 url 内容echo
"from":"0802070975","to":"0802071013","url":"","md5":"ace4b34383f964442a591559d0afb296","level":0 | sed "s/.*url:\(.*\)/\1/" | cut -d ',' -f1
//提取 md5 内容echo
"from":"0802070975","to":"0802071013","url":"","md5":"ace4b34383f964442a591559d0afb296","level":0 | sed "s/.*md5:\(.*\)/\1/" | cut -d ',' -f1
//提取 level 内容echo
"from":"0802070975","to":"0802071013","url":"","md5":"ace4b34383f964442a591559d0afb296","level":0 | sed "s/.*level:\(.*\)/\1/" | cut -d ',' -f112345678910111213141516
6.字符串提取 (脚本文件)
ret_val="\"from\":\"0804020982\",\"to\":\"0804020998\",\"url\":\"\",\"md5\":\"408d261924e6c271200fdf14d3a230cc\",\"level\":0"
echo ret_val is : [ $ret_val ]from="$(echo $ret_val | sed 's/.*from\"\:\(.*\)/\1/' | cut -d ',' -f1 | sed 's/"//g')"
echo from: $from
to="$(echo $ret_val | sed 's/.*to\"\:\(.*\)/\1/' | cut -d ',' -f1 | sed 's/"//g')"
echo to: $to
url="$(echo $ret_val | sed 's/.*url\"\:\(.*\)/\1/' | cut -d ',' -f1 | sed 's/"//g')"
echo url: $url
md5="$(echo $ret_val | sed 's/.*md5\"\:\(.*\)/\1/' | cut -d ',' -f1 | sed 's/"//g')"
echo md5: $md5
level="$(echo $ret_val | sed 's/.*level\"\:\(.*\)/\1/' | cut -d ',' -f1 | sed 's/"//g')"
echo level: $level12345678910111213141516171819
执行结果：
ret_val is : [ "from":"0804020982","to":"0804020998","url":"","md5":"408d261924e6c271200fdf14d3a230cc","level":0 ]
from: 0804020982
to: 0804020998
url: : 408d261924e6c271200fdf14d3a230cc
level: 0
I.总结
要注意命令行执行，与脚本文件执行之间的差异性。
1、在Linux系统中通过C语言获取硬盘序列号，可以借助于ioctl()函数，该函数原型如下:
int ioctl(int fd, unsigned long request, ...);
ioctl的第一个参数是文件标识符，用open()函数打开设备时获取。
ioctl第二个参数为用于获得指定文件描述符的标志号，获取硬盘序列号，一般指明为HDIO_GET_IDENTITY。
ioctl的第三个参数为一些辅助参数，要获取硬盘序列号，需要借助于struct hd_driveid结构体来保存硬盘信息 ，该结构体在Linux/hdreg.h中，struct hd_driveid的声明如下
struct hd_driveid {
unsigned short config; / lots of obsolete bit flags */
unsigned short cyls; /* Obsolete, "physical" cyls */
unsigned short reserved2; /* reserved (word 2) */
unsigned short heads; /* Obsolete, "physical" heads */
unsigned short track_bytes; /* unformatted bytes per track */
unsigned short sector_bytes; /* unformatted bytes per sector */
unsigned short sectors; /* Obsolete, "physical" sectors per track */
unsigned short vendor0; /* vendor unique */
unsigned short vendor1; /* vendor unique */
unsigned short vendor2; /* Retired vendor unique */
unsigned char serial_no[20]; /* 0 = not_specified */
unsigned short buf_type; /* Retired */
unsigned short buf_size; /* Retired, 512 byte increments
* 0 = not_specified
*/
……
};
2、源代码如下
#include stdio.h
//ioctl()的声明头文件
#include sys/ioctl.h
//硬盘参数头文件， hd_driveid结构声明头文件
#include linux/hdreg.h
//文件控制头文件
#include sys/fcntl.h
int main()
{
//用于保存系统返回的硬盘数据信息
struct hd_driveid id;
//这里以第一块硬盘为例，用户可自行修改
//用open函数打开获取文件标识符，类似于windows下的句柄
int fd = open("/dev/sda", O_RDONLY|O_NONBLOCK);
//失败返回
if (fd 0) {
perror("/dev/sda");
return 1; }
//调用ioctl()
if(!ioctl(fd, HDIO_GET_IDENTITY, id))
{
printf("Serial Number=%s\n",id.serial_no);
}
return 0;
}
编译完成后，执行效果如下：
本文摘抄自：
侵删！
fasta是常用的序列存储格式，很多软件（如GATK、IGV等）在导入序列以及进行快速查找时通常需要建立索引文件。下面就来介绍如何使用 samtools 便捷的建立fasta文件的索引以及快速进行序列提取。
1 建立索引
建立索引只需在Linux下输入命令：samtools faidx input.fa
这里序列文件为 input.fa，生成的索引文件以 .fai 结尾。需要注意的是，输入的fasta文件的每条序列除最后一行外，其余行的长度必须相同，否则会报错哦！最后生成的.fai文件如下， 共5列，以制表符分隔；
第一列 NAME : 序列的名称，只保留“”后，第一个空白之前的内容；
第二列 LENGTH : 序列的长度，单位为bp；
第三列 OFFSET : 第一个碱基的偏移量，从0开始计数，换行符也统计进行；
第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， 其他代表序列的行的碱基数， 单位为bp；
第五列 LINEWIDTH : 行宽， 除了最后一行外， 其他代表序列的行的长度，包括换行符，在windows系统中换行符为\r\n，要在序列长度的基础上加2。
2 提取序列
除建立索引外，还可以利用samtools方便的提取序列，例如：
samtools faidx input.fa chr2 chr2.fa，会得到含chr2这条序列的fasta格式的文件，如果是多条序列，只需在文件后罗列需提取的序列ID即可，使用空格分隔，如 samtools faidx input.fa chr1 chr2 chr3 chr.fa。
再如：samtools faidx input.fa chr2:1-1000 chr2.fa，能得到chr2序列的第1到第1000个碱基的fasta格式的文件，同样可以提取多条序列。
samtools 安装
linux下可以使用hdparm命令查看硬盘的信息。 你可以在C语言里面，调用hdparm，并获取其输出信息即可。 也可以查找hdparm程序的源代码，把查找序列号的代码加进来。
1、首先连接相linux主机，进入到linux命令行状态下，等待输入shell指令。
2、然后用vi打开编辑的核苷酸序列，按ESC键盘输入w。
3、最后按下回车键执行保存命令即可。