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系统集成的项目通常比较大，耗时比较长，专业的系统集成服务商并不是从接到订单就一直要等到订单全部完成后，才向客户收取费用。而是，在系统集成项目的计划和进行阶段，按比例收取费用。
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一般来说，计算机信息系统集成的服务费由以下部分组成：
1、 项目计划阶段费用：应包括可行性论证、需求预测、预算评估、咨询服务、环境分析、招投标等相应费用。当此阶段的工作完成，系统集成服务公司可以根据这部分费用占总费用的比例，向客户收取服务费。通常占5%-10%左右。
2、 项目规划设计阶段费用：应包括需求管理、信息资源规划(概念设计)、设计方案(详细设计)、实施规划、规划设计论证等相应费用。当系统集成公司完成了当此阶段的工作，系统集成服务公司可以根据这部分费用占总费用的比例，要求客户付款。通常占5%-10%左右。
3、 工程阶段费用：应包括安装费用、人工费用、施工现场发生费用及信息服务管理单位的管理费用、财务管理费用、计划利润、上缴利税等直接和间接费用。这部分的费用占总费用的大头，当系统集成公司完成了当此阶段的工作并经过验收，系统集成服务公司可以根据这部分费用占总费用的比例，向客户收取服务费。
4、 风险费用：项目实施过程中可能发生内部或外部风险时的应对费用。这部分费用系统集成公司会按工程进展度分比例进行收取服务费。
5、 项目监理费用：应依据《信息服务资费标准·信息化工程监理类》预算项目监理费用。这部分费用系统集成公司会按工程进展度分比例进行收取服务费。
6、 项目验收阶段费用：应包括项目测试、项目阶段验收、项目试运行、项目总体验收等相应费用。当系统集成项目工程已经完成，并被客户验收无问题后，系统集成服务商可向客户收取剩下的服务费。
7、 其它费用：在项目实施过程中，根据项目需要，或为应对突发事件所需相应费用。这部分费用可以视具体情况而定，在需要时，可与客户沟通，要求支付。
这样一来，系统集成的服务费通过工作的完成阶段分比例收取，不仅对系统集成公司有利，以便更好地与客户沟通下一步工作，同时，对它们的服务对象有利，可分阶段检验它们的工作。