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通常情况下，升级到新版本不需要修改任何数据表。请检查MySQL发布事项中提到的升级需要注意的地方，如果发现不能直接升级的话，就先用 mysqldump 将数据导出来，然后再导回去。
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如果担心升级失败，就先把旧版本的MySQL改个名字备份起来，以备所需。
同时，升级完之后可能还需要重新编译跟MySQL相关的程序，因为新版本的头文件和库文件可能有改变了。
如果升级后发生问题了，请先检查是否使用了旧的my.cnf配置文件，可以通过执行命令 "mysqld --print-defaults" 来打印出各种配置信息来确认。
升级的时候最好也升级类似Perl的 DBD::mysql 模块，同样，对PHP和Python而言也是一样。
2、从 MySQL 5.0 升级到 MySQL 5.1
从 5.0 升级到 5.1 的时候，必须要升级授权表。否则，可能某些存储过程无法运行。详情请看附录 "mysql_update MySQL升级时检查数据表"。
以下是从 5.0 升级到 5.1 需要注意的事项：
检查所有的变化，尤其注意那些标志为 "不兼容的变化" 的部分。详情请看附录 "mysql_update MySQL升级时检查数据表"
可能某些发布版本会改变授权表的机制
查看所有重大的变化，详情请看MySQL手册的 "D.1.1.?Changes in release 5.1.10 (Not yet released)" 章节
以下是升级到MySQL 5.1之后会发生的一些变化：
服务器部分：
不兼容的变化：MySQL 5.1 实现了支持无需重启服务器就能在运行时加载或卸载API插件。这个特性需要用到mysql.plugin表，可以运行 "mysql_upgrade" 命令来创建该表
插件安装在系统变量 plugin_dir 所指的目录下。这个变量也控制着用户自定义函数(UDFs)所在目录，这相对以前的版本有所改变。在MySQL 5.1中，所有的UDFs库必须都安装到 plugin_dir 目录下，从旧版本升级的时候，必须把那些库文件都移动到这个目录下
不兼容的变化：系统变量 table_cache 改名为 table_open_cache
不兼容的变化：在MySQL 5.1.6 中 FULLTEXT 的索引结构发生变化了。当升级到 5.1.6 甚至更高之后，需要对每个包含 FULLTEXT 字段的数据表执行 "REPAIR TABLE" 语句
在 MySQL 5.1.6 以前，MySQL把普通的查询日志和慢查询都写到文件中。从5.1.6以后，这些日志可以灵活地选择是是写到日志文件中(跟以前一样)或者写到 mysql 数据库的 general_log 和 slow_log 表中。如果启用日志记录，这2种方式都可以使用。选项 --log-output 用来控制这2种日志的记录方式
从5.1.6开始，特殊字符集的数据库和表的标识符在创建相应目录和文件时都会用对应的字符集编码了
SQL分：
本文来自: 脚本之家() 详细出处参考：
就是重新安装一下5.6.21 然后吧数据库目录拷贝到5.6.21的目录下.覆盖就可以了..
前天我刚回答了相似的问题你参考一下
1.导出4.0.23当前数据库数据，进行备份。
2.安装4.1或5.1进行备份数据导入。
3.具体操作
linux中升级MySQL应采取的步骤：
1. 进行升级前你应先备份当前的MySQL安装。
2. 下载最新linux版MySQL。
3. 升级MySQL前，必须停止服务器。
如果服务器安装为服务，必须在命令提示符下在命令行中用命令停止服务：
4.当从以前至的4.0.23版本升级到4.1或5.1时,或从Zip文件安装的MySQL升级到MySQL Installation Wizard(安装帮助)安装的MySQL时，你必须手动卸载前面安装的MySQL服务。
如果你不想卸载已有的服务，MySQL Installation Wizard(安装帮助)则不会正确安装新的MySQL服务。
5. 如果你使用MySQL Installation Wizard(安装帮助)，请参考“使用MySQL安装向导”的描述来启动帮助。
6. 如果用Zip文件安装MySQL，应提取文件。你可以覆盖已有的MySQL安装，建议覆盖原有的安装。
7. 重新启动服务器。
建议你下载phpwamp8.8.8.8，支持切换mysql数据库
PHPWAMP提供180数据库版本随便切换
支持一键自定义php版本、自定义数据库，700多个php版本和180数据库版本随便切换
能同运行多个不同的php版本和多个不同的数据库，而且站点管理工具功能十分强大。
1.先用SQLyog之类的图形化数据库管理工具把数据库内的所有东西备份出来。backup database as sql dump。注意要选structure and data (结构和数据)。导出sql文件后，确认一下sql文件无误。
2.系统中可能存在自带的MySQL，采用命令进行强制删除
rpm –qa|grep mysql
rpm -e mysql-5.1.61 --nodeps 强制删除mysql 不考虑依赖关系 （此处根据上一步查询到的结果）
3.安装mysql
rpm -ivh MySQL-server-community-5.1.61-0.rhel5.x86_64.rpm （包名根据实际情况）
4.在MySQL配置文件/etc/my.cnf中根据实际需要添加
lower_case_table_names=1
skip-name-resolve
event_scheduler=1
default-character-set=utf8
wait_timeout=31536000
interactive_timeout=31536000
5.启动服务
cd /etc/init.d
./mysql restart
或者service mysqld restart
6.登陆MySQL
/usr/local/mysql/bin/mysql -u root –p
7.新增用户,根据允许访问的地址和用户，可能需要多次执行。
GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'user'@'192.168.1.1(你的ip)' IDENTIFIED BY 'password' WITH GRANT OPTION;
flush privileges;
8.
用SQLyog之类的图形化数据库管理工具把数据库备份出来的sql语句执行一遍
9.完成
如果是原来linux软件包安装的可以使用rpm -e mysql（RedHat系列），Debian系列我不太清楚等命令删除。要是原来是源代码包编译的就得手工删除，这个就是一点一点找到那些文件。删除然后运行你的二进制安装包或者源码编译。具体命令我记不住了，你可以参阅linux的书籍以及mysql的书籍或安装手册。 当然，你要备份好数据。