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1.C:WINDOWSAllUsers文件夹
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所有用户文件夹，里面记录了Windows98系统缺省登录时的桌机文件和开始菜单的内容。(请看里面的两个文件夹Desktop和StartMenu)
2.C:WINDOWSApplicationData文件夹 它是一个应用程序数据文件夹。该文件夹中只有Microsoft一个目录。而WINDOWSApplicationDataMicrosoftInternetExplorerQuickLaunch目录中的文件，其实就是任务栏中的快捷方式。
3.C:WINDOWSApplog文件夹
它是一个应用程序逻辑目录。该文件夹中全部是.lgc文件(逻辑文件)，记录的是相关文件运行时要调用的文件、读写地址、输出地址等逻辑信息。如Winamp运行时要调用DLL文件、WIN.INI文件、VXD文件、TTF文件等，并在Applog文件夹中生成Winamp.lgc。LGC文件可以用记事本打开查看。该文件夹中的文件对系统的运行没什么影响。
4.C:WINDOWSCatroot文件夹
计算机启动辅助测试目录。目录中的文件内容大多是关于计算机启动时检测的硬软件信息，如光驱信息，键盘信息等。
5.C:WINDOWSCOMMAND文件夹
它是DOS的所有外部命令的”家”。对于想升级DOS6.22朋友来说，只需把Windows98的系统文件传到C盘上，然后把Command文件夹中的'文件拷至DOS目录中就可以了！如果你把这些文件的名字改动的话,那么你在dos环境下的命令名就要相对的改动了,例如,你把里面的format.com改名为forma.com,那么在dos环境下你想格式化一张软盘时,就再也不是formata:了,而是formaa:了。
6．C:WINDOWSConfig文件夹
对计算机有点基础的应该知道config是什么意思吧，对了，配置，不难想象，它是一个配置文件夹，不过，该文件并不是记录系统的配置情况，而只保存了MIDI乐器的定义文件。
7．C:WINDOWSCookies文件夹
cookies俗称小甜饼，其实它是一组网络服务商存储在你硬盘上的一些数据。该目录中的文件记录着你登录过的网站及自己的一些爱好！这些数据在某些方面确实对你有所帮助，但是它也是网络的一个缺陷所在，有些网络会利用你的这个文件夹。
8．C:WINDOWScursors文件夹
它记录的是动画图标文件夹，里面包含了Windows自带的动画图标，我们可以往该目录中拷入动画图标文件来作为Windows系统的默认动画图标。当我们设置鼠标指针时。开始?D设置?D控制面板?D鼠标?D指针选项中”浏览”按钮的缺省文件夹就是它。
9．C:WINDOWSDesktop文件夹
桌面文件夹。你想知道桌机上的文件存放在硬盘的什么地方吗？对，就在Desktop文件夹中。
10．C:WINDOWSDownloadedProgramFiles文件夹
E文翻译过来是：下载文件文件夹。它自己的说法是：ActiveX高速缓存文件夹。
所谓系统目录就是指操作系统的主要文件存放的目录，目录中的文件直接影响到系统是否正常工作，了解这些目录的功能，相信对你更好的使用系统会有很大的帮助。以下介绍的目录若不做特殊说明，在Win 98/ME系统下，它们在Windows目录中，在Win 2000系统下，他们在Win NT目录中。
All Users文件夹:
Win 98/ME所有用户文件夹，里面里面包括系统缺省登录时的桌面文件和开始菜单的内容。
Win 2000在Win 2000的系统目录中没有这个文件夹，Win 2000将用户的信息放在根目录下的Documents and Settings文件夹中，每个用户对应一个目录，包括开始菜单、桌面、收藏夹、我的文档等等。
Application Data文件夹:
Win 98/ME应用程序数据文件夹。包括任务栏中的快捷方式，输入法的一些文件等等。根据你系统中使用不同的软件，该目录中的内容也有所不同。
Win 2000在Documents and Settings文件夹中，每个用户都对应一个Application Data文件夹，同样每个用户由于使用的软件不同，目录内容也相同。
Applog文件夹:
Win 98/ME应用程序逻辑文件目录。逻辑文件是用来记录应用软件在运行时，需要调用的文件、使用的地址等信息的文件。要查看这些文件，用记事本打开即可。
Catroot文件夹:
Win 98计算机启动测试信息目录，目录中包括的文件大多是关于计算机启动时检测的硬软件信息。
Win ME该文件夹位于系统目录的system目录中。
Win 2000该文件夹位于系统目录的system32目录中。
Command文件夹:
Win 98/ME DOS命令目录。包括很多DOS下的外部命令，虽说都是些小工具，但真的很好用，特别是对于系统崩溃时。
Win 2000这些DOS命令位于系统目录的system32目录中。
Config文件夹:
Win 98/ME/2000配置文件夹，目录中包括一些MIDI乐器的定义文件。
Cookies文件夹:
Win 98/ME Cookies又叫小甜饼，是你在浏览某些网站时，留在你硬盘上的一些资料，包括用户名、用户资料、网址等等。
Win 2000每个用户都有一个Cookies文件夹，位于Documents and Settings文件夹的每个用户目录中。
Cursors文件夹:
Win 98/ME/2000鼠标动画文件夹。目录中包括鼠标在不同状态下的动画文件。
Desktop文件夹:
Win 98/ME桌面文件夹。包括桌面上的一些图标。
Win 2000这个文件夹在系统目录中也存在，同时在Documents and Settings文件夹的每个用户目录中还有"桌面"文件夹。
Downloaded Program Files文件夹:
Win 98/ME/2000下载文件文件夹。该文件夹包含显示已打开的.Web页所需的文件，其中大部分文件是用来运行Web页面上的动画。
Drwatson文件夹:
Win 98/ME/2000华生医生文件夹。本来华生医生可以在系统发生错误时拍下系统快照，但这个目录只有一个超文本文件。
Favorites文件夹:
Win 98/ME收藏夹文件夹。如果需要重新安装系统，请备份这个目录，这样可以保留收藏夹中的内容。
Win200每个用户都有一个Favorites文件夹，位于Documents and Settings文件夹的每个用户目录中。
Fonts文件夹:
Win 98/ME/2000字体文件夹。在这个目录中可以添加删除字体文件，也可以删除一些不必要的文件而减少系统占用硬盘的空间。
Help文件夹:
Win 98/ME/2000帮助文件的文件夹，Windows有个好处就是有详细的帮助文件，这个目录里面就包括很多帮助文件，遇到问题多看看帮助文件，对你会有很大的帮助。
History文件夹:
Win 98/ME历史文件夹。IE浏览器有一个功能可以自己记录用户浏览过的网址，这个目录就是用来存放这些网址的。
Win 2000每个用户的历史文件都是相互独立的。位于Documents and Settings 文件夹的每个用户目录中Local Settings目录里面。
Inf文件夹:
Win 98/ME/2000安装文件文件夹。在安装驱动程序时，系统会提示我们指定相应的 Inf文件。要使用这些文件也很简单，直接选取其右键菜单中的"安装"即可。
Java文件夹:
Win 98/ME/2000和JAVA相关的一些文件夹。包括Classes和Packages两个子文件夹，其中Packages中包含了一些压缩文件和一些数据文件。在Win 2000中还包括Trustlib子目录。
Sysbckup文件夹:
Win 98/ME系统备份文件夹。系统会自动备份注册表以及系统文件，打包放在这个目录下，需要恢复时只需要解开文件将其覆盖会相应的目录即可。
System文件夹:
Win 98/ME/2000系统文件夹。系统中的重要文件都放在这个目录下，同时在安装新软件时也会向这个目录中拷贝文件。由于这里面很多文件是多个软件公用的，在删除软件时提示要删除这个目录中的文件最好选择不要删除。
System32文件夹:
Win 98/ME/2000 32位的系统的文件夹，里面包含了许多虚拟设备文件。同样也是很重要，在对里面的文件进行删减时也要特别注意。
Tasks文件夹:
Win 98/ME/2000计划任务文件夹，该文件夹包含已计划的Windows任务。Windows将按照指定的时间来运行这些任务。
Temp文件夹:
Win 98/ME/2000临时文件目录。在系统和软件的运行过程中会产生很多临时的文件，就存放在这个目录中。定期清理这个目录中的文件，可以减少硬盘的垃圾。
Temporary Internet Files文件夹:
Win 98/ME IE下载文件缓冲区。使用IE浏览器浏览网页时，系统会自动将浏览过的网页内容放在这个目录中，当你再次打开相同的网页时系统会从这个目录中进行提取，这样可以加快浏览的速度。
Win 2000每个用户都有一个Temporary Internet Files文件夹，位于Documents and Settings文件夹的每个用户目录中的Local Settings目录里面。
Web文件夹:
Win 98/ME/2000该文件夹中的文件主要是一些超文本模板、频道的图标和图像等等。Windows系统中一些窗口的布局也是通过这里面的文件来完成的。以前没有觉得这个目录重要，后来发现欢乐时光病毒就是通过感染这个目录中的文件来达到破坏的目的。
友情提醒: 由于系统目录中的文件都很重要，所以在进行修改时要特别小心，如果你对系统不是太熟悉，建立你还是不要去动它们。
windows目录下是系统最主要的文件存放位置。其中每一个文件都是系统的一部分，它们组合起来成为一个系统的整体，大多数文件之间是相互影响制约的。缺少一个文件都可能导致系统不能正常运行。很多病毒也是植入在里面的system32文件夹内达到控制计算机的目的。还有一些隐藏的文件，那些都是对系统运行很重要的文件。
为了系统的正常运行最好不要随便移动或删除windows目录下的文件。
下边以XP系统为例介绍一下：
├WINDOWS
│ ├-system32（存放Windows的系统文件和硬件驱动程序）
│ │ ├-config（用户配置信息和密码信息）
│ │ │ └-systemprofile（系统配置信息，用于恢复系统）
│ │ ├-drivers（用来存放硬件驱动文件）
│ │ ├-spool（用来存放系统打印文件。包括打印的色彩、打印预存等）
│ │ ├-wbem（存放WMI测试程序，用于查看和更改公共信息模型类、实例和方法等）
│ │ ├-IME（用来存放系统输入法文件，类似WINDOWS下的IME文件夹）
│ │ ├-CatRoot（计算机启动测试信息目录，包括了计算机启动时检测的硬软件信息）
│ │ ├-Com（用来存放组件服务文件）
│ │ ├-ReinstallBackups（电脑中硬件的驱动程序备份）
│ │ ├-DllCache（用来存放系统缓存文件。当系统文件被替换时，文件保护机制会复制这个文件夹下的文件去覆盖非系统文件）
│ │ ├-GroupPolicy（组策略文件夹）
│ │
│ ├-system（系统文件夹，用来存放系统虚拟设备文件）
│ ├-$NtUninstall$（系统每打一个补丁，就会自动创建这样的一个目录）
│ ├-security（系统安全文件夹，用来存放系统重要的数据文件）
│ ├-srchasst（搜索助手文件夹，用来存放系统搜索助手文件，与msagent文件夹类似）
│ ├-repair（系统修复文件夹，用来存放修复系统时所需的配置文件）
│ ├-Downloaded Program Files（下载程序文件夹，用来存放扩展IE功能的ActiveX等插件）
│ ├-inf（用来存放INF文件，INF文件最常见的应用是为硬件设备提供驱动程序服务）
│ ├-Help（Windows帮助文件）
│ ├-Config（系统配置文件夹，用来存放系统的一些临时配置的文件）
│ ├-msagent（微软助手文件夹，存放动态的卡通形象，协助更好地使用系统）
│ ├-Cursors（鼠标指针文件夹）
│ ├-Media（声音文件夹，开关机等wav文件存放于此）
│ ├-Mui（多语言包文件夹，用来存放多国语言文件。简体中文系统中这个文件夹默认是空的）
│ ├-java（存放Java运行的组件及其程序文件。）
│ ├-Web
│ │ ├-Wall*****（存放桌面壁纸的文件夹）
│ │
│ ├-addins（系统附加文件夹，用来存放系统附加功能的文件）
│ ├-Connection Wizard（连接向导文件夹，用来存放“Internet连接向导”的相关文件）
│ ├-Driver Cache（驱动缓存文件夹，用来存放系统已知硬件的驱动文件）
│ │ └-i386（Windows操作系统自带的已知硬件驱动文件
│ ├-TEMP（系统临时文件夹）
│ ├-twain_32（扫描仪相关）
│ ├-AppPatch（应用程序修补备份文件夹，用来存放应用程序的修补文件）
│ ├-Debug（系统调试文件夹，用来存放系统运行过程中调试模块的日志文件）
│ ├-Resources（系统资源文件夹，存放系统SHELL资源文件，即桌面主题）
│ │ └-Themes（桌面主题都存放于此）
│ ├-WinSxS（存储各个版本的Windows XP组件，减少因为DLL文件而引起的配置问题）
│ ├-ime（输入法信息）
│ ├-PCHealth（用来存放协调、配置和管理计算机正常运行的文件）
│ │ └-HelpCtr（帮助和支持）
│ │ ├-Binaries（常用的msconfig就在这里）
│ ├-Offline Web Pages（脱机浏览文件存放于此）
│ ├-Prefetch（预读取文件夹，用来存放系统已访问过的文件的预读信息(此信息是系统在访问时自动生成的新信息)，以加快文件的访问速度，其扩展名为“PF”。）
│ ├-ShellNew
│ ├-Fonts（字体文件夹。要安装某种字体只需将字体文件复制到该目录下即可）
│ ├-pss（用来备份系统启动配置文件的，一般对“Boot.ini”、“System.ini”和“Win.ini”三个文件进行备份，扩展名为“backup”。如果系统原有的这三个文件损坏的话，可以从这里进行恢复。）
│ ├-Registration（注册文件夹，用来存放用于系统COM＋或者其他组件注册的相关文件。）
│ └-Downloaded Installations（存放一些使用Windows Installer技术的安装程序，主要用来对程序进行修复等操作）
├-Documents and Settings
│ ├-Default User
│ │ ├-Application Data（通用应用程序数据文件夹。此处存放着已经安装的一些应用程序的专用数据）
│ │ ├-桌面
│ │ ├-Favorites（收藏夹）
│ │ ├-NetHood（网络共享目录）
│ │ ├-My Documents（我的文档）
│ │ ├-PrintHood（打印共享目录）
│ │ ├-Recent（最近打开的文档）
│ │ ├-SendTo（鼠标右键的发送到）
│ │ ├-「开始」菜单
│ │ ├-Templates（模板文件夹，可能有Word、Excel等的模板文件）
│ │ └-Local Settings
│ │ ├-Application Data
│ │ └-Temp（临时文件目录。在系统和软件的运行过程中产生的临时文件就存放在于此。）
│ │ └-Temporary Internet Files（Internet临时文件夹。）
│ ├-All Users（所有用户文件夹，这里的更改对所有用户有效）
│ └-Administrator（系统管理员帐户的文件夹）
├-Program Files
│ ├-Common Files（共享的应用程序文件存放于此）
│ ├-Internet Explorer（IE浏览器）
│ ├-ComPlus Applications（COM+ 组件的配置和跟踪，一般为空）
│ ├-Windows Media Player（WINDOWS媒体播放器）
│ ├-WindowsUpdate（用于Windows的升级）
│ ├-InstallShield Installation Information
│ ├-Uninstall Information（存放软件反安装信息）
├-wmpub（windows media service的目录）
├-boot（一键还原等软件的文件夹）
├-Inetpub（IIS文件夹）
├-Downloads(Flashget默认下载文件夹)
├-System Volume Information(系统还原文件夹)
└-TDdownload（迅雷默认下载文件夹）
Debug文件夹
这是系统调试文件夹，用来存放系统运行过程中调试模块的日志文件，以便管理员根据这些日志文件来发现计算机所存在的问题。其中“UserMode”文件夹下存放的是当前用户的调试日志文件。
ime文件夹
这
是输入法文件夹，用来存放系统默认安装的输入法文件。Windows操作系统已经内嵌了东亚国家的输入法，如日语，韩文等
CHSIME：简体中文输入法；
CHTIME：繁体中文输入法；
IMEJP：日文输入法；
IMEJP98：日文98输入法；
IMJP8_1：微软IME标准2002的8.1版本输入法；
IMKR6_1：朝鲜语（IME2002）6.1版本输入法；
SHARE：东亚语系共享文件夹。
Fonts文件夹
这是字体文件夹，用来存放系统将会用到的字体文件。用户自己新安装的字体也会被存放在这个文件夹下的。其中英文的字体类型比较多，而简体中文字体文件只包括仿宋体、黑体、楷体、宋体和新宋体四个类型，即计算机编码中的GB2312。
Installer文件夹
这里用来存放MSI文件或者程序安装所需要的临时文件。MSI文件是Windows 系统的安装包，右击文件在右键菜单中可以选择安装或者卸载程序。
system32文件夹
这是32位系统文件夹，用来存放系统重要文件的，同时一些应用程序在安装时也会将其相应的支持文件复制到这个文件夹里来。由于此文件夹下的文件和此文件夹众多，我们只列举一些具有代表性的文件夹
① CatRoot：用来存放计算机启动测试信息的目录，包括了计算机启动时检测的硬软件信息。
② Com：用来存放组件服务文件，运行其的“comexp.msc”就会打开组件服务控制台。
③ DllCache：用来存放系统缓存文件，当系统本来的文件被替换时，文件保护机制会复制这个文件夹下的备份系统文件去覆盖非系统文件。
④ Drivers：用来存放硬件驱动文件。如果删除其中的文件，会导致硬件失去驱动而无效。
⑤ IME：用来存放系统输入法文件，类似去的IME文件夹。
⑥ oobe：用来存放系统的激活信息。
⑦ Restore：用来存放系统还原文件。双击运行“rstrui.exe”文件，就会调用系统还原功能。
⑧ Setup：用来存放系统安装文件。
⑨ spool：用来存放系统打印文件。包括了打印的色彩、打印预存等。
⑩ wbem：用来存放WMI测试程序，用于查看和更改公共信息模型类、实例和方法等。